司亚平一直从事蔬菜保护地栽培技术研究。1979年至1985年从事蔬菜薄膜覆盖栽培技术研究，其中“地膜覆盖技术的引进、试验研究和应用”项目获1982年农牧渔业部技术改进一等奖。1986年至1990年在农业部下达的“机械化育苗设备的引进、消化、吸收”项目中从事技术研究。该项目于1991年获北京市科技进步二等奖。1991年至1995年参加农业部“八五”重点课题“蔬菜穴盘育苗配套技术研究”，为主要完成人。1993年至1995年参加了北京市科委下达的“北京新型日光温室的设计及果菜类高产栽培”课题从事技术研究，该项目获北京市科技进步二等奖。1996年至1998年在北京市科委下达的“名、特、优、新蔬菜品种中试基地”中主持种苗车间工作，该项目获1999年北京市星火科技三等奖。1993年至1998年承担了全国农业技术推广中心和全国农用塑料应用技术学会委托的横向联合项目“不同棚膜田间试验”，其中“PE、PVC耐侯功能膜开发研究与推广应用”项目获农业部颁发科技进步三等奖。1997年至2000年在国家科委重点项目工厂化高效农业示范工程北京分项中主持“工厂化育苗技术研究”。2001年至2003年在国家科技部“设施园艺工厂化高效、安全生产关键技术研究”项目、市科委“绿色蔬菜安全生产体系”项目及北京市重点课题“工厂化高效栽培技术的研究”、“设施蔬菜现代化栽培技术体系研究与产业化示范”，主持“蔬菜工厂化育苗技术”和“番茄优质高效土壤栽培技术研究”。“北京工厂化农业关键技术研究与示范推广”获北京市科学技术奖二等奖。2004年至2006年参加“京郊百村品种更新”项目，获北京市技术推广一等奖。2005至2007年参加“顺义三高观光采摘生态园建设”项目，2007年主持“现代化生产与观光园区建设技术示范与应用”与“百村千户蔬菜品种更新”项目。